Cyloni zostali stworzeni przez ludzi. Ewoluowali. Zbuntowali się.
40 lat po Pierwszej Wojnie Cylońskiej Cyloni starli w pył Dwanaście Kolonii. Liczącej wiele już lat Battlestar Galactice udało się, wraz ze zbiorowiskiem statków cywilnych na ogonie, czmychnąć przed atakiem, aby wyruszyć na poszukiwanie legendarnej ojczyzny Trzynastego Plemienia: planety zwanej Ziemią.
Po wielomiesięcznej ucieczce przed siłami zbrojnymi Cylonów, Battlestar Galactica i znajdująca się pod jej ochroną flota kolonialna połączyła swoje siły z jeszcze jednym ucieknierem: statkiem Battlestar Pegaz. Razem mogli podjąć kontratak i pokonać cyloński okręt Przebudzenia.
Ogarnięci wielkim gniewem z powodu utraty okrętu Przebudzenia Cyloni, rozpoczęli atak na flotę kolonialną. Skok awaryjny wydaje się być ostatnim ratunkiem Kolonii, ale coś jest nie tak. Napędy nadświetlne obu flot zostają przegrzane przez masywny impuls energetyczny. Niekontrolowany skok przenosi ludzkie i cylońskie siły zbrojne daleko od ustawionego kursu.
W grze Battlestar Galactica Online flota kolonialna i flota cylońska wylądowały w nieznanym sektorze na skraju nieznanej galaktyki. Obie floty są poważnie uszkodzone. Obu flotom kończą się surowce. W wyścigu z czasem muszą naprawić wszystkie szkody, aby statki były gotowe do walki i aby mogli zdobyć kontrolę nad systemami z dużymi złożami tylium, metali i wody. Flota kolonialna szuka rozpaczliwie drogi ucieczki i kontynuuje poszukiwanie Ziemi, zanim Cyloni będą dostatecznie silni, by ją zniszczyć raz na zawsze.
